Sau trận Toba-Fushimi tháng 1 năm 1868, ông trở về Edo, và được thăng tước wakadoshiyori (wakadoshiyori-kaku 若年寄格, Nhược Niên Ký Cách) dưới triều đại Tokugawa đang tan rã nhanh chóng.[27]. Ông chiến đấu với quân đội của triều đình nhưng thất bại, đáng chú ý nhất là trong loạt Kōshū-Katsunuma và Nagareyama. Sau khi đầu hàng, ông bị chém đầu ở Itabashi vào 17 tháng 5 (âm lịch 25 tháng 4) 1868.[28]

Theo Tani Tateki (1837-1911) ở Tosa, Kondō chính thức bị xử tử bởi chính phủ mới (chủ yếu là samural ở Chōshū và Satsuma) với lý do bị buộc tội đã giết Sakamoto Ryoma. Thậm chí sau khi thành viên cũ của Mimawarigumi là Imai Nobuo thú tội năm 1870, Tani khăng khăng cho rằng Kondō không bị buộc tội nhầm là người đã giết Sakamoto. (Thậm chí mặc dù đa phần mọi người đồng ý với giả thuyết rằng người chủ mưu vụ ám sát là Sasaki Tadasaburō của Mimawarigumi, một cách chính thức, đây vẫn là một bí ẩn.)

Ông có đến vài khu mộ táng; người ta tin rằng ngôi mộ đầu tiên được dựng lên ở đền Ten'nei-ji (天寧寺, Thiên Ninh tự) ở Aizu bởi Hijikata Toshizo.[29] Hijikata, đang hồi phục ở gần đó sau khi bị thương ở caahn trong trận Utsunomiya, được cho là người đã giám sát việc chuẩn bị và xây dựng ngôi mộ.[30] Tên lễ tang của Kondō, Kanten'inden'junchūseigi-daikōji (貫天院殿純忠誠義大居士, Quán Thiên Viện Điện Thuần Trung Thành Nghĩa Đại Cư Sĩ) được cho là do Matsudaira Katamori đặt.[31]